Desa Cebolek Kidul adalah Kesatuan Masyarakat Hukum yang memiliki kewenangan untuk mengatur dan mengurus kepentingan masyarakat setempat berdasarkan asal usul dan adat istiadat setempat yang diakui dalam sistem Pemerintahan Nasional yang berada didaerah Kabupaten Pati.

Desa Cebolek Kidul terdiri dari 21 RT dan 6 RW,dimana masing-masing RT dan RW tersebut membentuk kepengurusannya masing-masing.Setiap perangkat desa memiliki wilayah kring/binaan masing-masing sehingga lebih mempermudah dalam memantau perkembangan wilayahnya tersebut. Maisng-masing perangkat memiliki jumlah binaan antara 3 RT atau 4 RT.

Jumlah penduduk  Desa Cebolek Kidul saat ini sekitar 5.000 jiwa,dipimpin oleh seorang Kepala Desa dan dibantu Perangkat Desa yang terdiri dari Sekretaris Desa dibantu Kaur Umum dan Tata Usaha,Kaur Keuangan,Kasi Pemerintahan,Kasi Pelayanan,Kasi Kesejahteraan,dan seorang Perangkat Desa Lainnya (sesuai dengan Peraturan Daerah Kabupaten Pati Nomor 5 tahun 2015 tentang Struktur Organisasi dan Tata Kerja Pemerintah Desa)